Puede que sea el archivo nsp. Yo me tuve que bajar el new Super Mario de dos sitios porque la primera no se instalaba bien y a la segunda ya sí, ambas veces con la misma versión de goldleaf
Si actualizas antes de que el nuevo firmware sea compatible, pues sí. Perderías la posibilidad de iniciar el CFW.
No debes actualizar nunca hasta que el CFW sea compatible con el firmware que vayas a utilizar.