Mira que tengas los archivos bien copiados a la microsd. Podria ser un problema de la tarjeta, hay veces que si no copias bien los archivos puede dar problemas.
Si te banean no podrás acceder al online de Nintendo ni jugar online con tus juegos comprados a traves de Nintendo. Tampoco te permitirá descargar actualizaciones de los juegos que tengas aunque sean originales. El tema de actualizar los juegos lo tendrás que hacer de manera manual...
Yo instale hace un par de días la versión 14.0 y muchos juegos no acababan de arrancar, me salía pantalla negra con mensaje o un error. Tras actualizar atmosphere con la última versión y varias pruebas me dio la impresión de que podía ser por los sigpatches que supuestamente eran para esta...
Prueba Awoo Installer, yo tenia problemas parecidos y con ese he conseguido instalarlo practicamente todo. Es el que uso normalmente. para eliminar los datos corruptos que muestras en la captura debes ir al apartado configuracion de la consola > gestion de datos > programas. Parece una tonteria...