En principio eso es para cuando instalas desde la microSD, que si le activas la opción te borra el nsp una vez instalado (aunque haya dado error la instalación, al menos en versiones antiguas que es cuando lo prové).
En atmosphere no funciona (bueno, se puede hacer pero hay que recompilar, lo cual es un faenón). Hay que arrancarlo en ReiNX y luego ya si quieres vuelves al atmosphere.