Por si a alguien le sirve, he conseguido resolver los problemas siguiendo el tutorial de actualización desde 0 de Nintricks en Youtube. Os lo dejo aquí:
HΔCK $W1TCH 15.0.1 - Tutorial COMPLETO desde 0 - Enlace al TUTORIAL
Sólo puedo decir que me ha pasado exactamente lo mismo.
Excepto que yo he inyectado el payload que venía con el pack CFW de Atmosphere: hekate_ctcaer_5.9.0.bin
Estoy completamente despistado.
No sé qué hacer.
Agradeceré la ayuda que podáis darme.