has confirmado que esa SD sea compatible? quiero decir, no vale solo con que sea de X marca o que tenga mucha capacidad, algunas son de poca velocidad y no van bien para la switch (aunque, que yo sepa, el problema es para correr juegos, no por la lectura de archivos en sí, pero a saberse). Ahora mismo sigues con SX OS, entiendo, verdad?
De todas formas, para pasarte a Atmosphere, no necesitas ni pasar por el boot... lo puedes hacer todo lanzando payloads desde el tegraRCM. Te lo confirmo porque mi consola estaba semibrickeada después de una actualización corrupta, no podía ni entrar al payload, solo al RCM, y he podido salir adelante.