Bueno, bueno, aquí hay varias cosas.
En primer lugar, antes de hacer nada, copia los datos de tu microSD, guárdalos en un lugar seguro en tu PC, y luego formatea la SD desde la consola. Una vez hagas eso, vuelve a pegar los archivos en la SD y ya.
Ahora, lo de actualizar la SysNand EN TEORÍA...