Tendras la sd en exfat y como elegistes fat 32 no te deja iniciar, para no tener que tocar nada de la sd que tienes lo mejor es cojer otra sd sin nada en fat 32 y hacer el proceso de preparar la sd con atmosphere y reinstalas el firmware eligiendo fat 32+exfat, luego quitas esa sd y metes la otra que tenias
No se si habra algun metodo mas rapida y mejor pero creo que ese te valdra