En teoria el migswitch es para hacer backups de tus juegos y actualizarlos online, mientras un solo juego con esa id este online entiendo que no pasa nada ahora si detectan esa id mas de una vez es cuando pueden banean, lo que no sabemos es banean cuando detectan 2 id del mismo juego a la vez o es cuando detectan de forma masiva esa id, no lo sabemos
Pero que yo sepa el migswitch los updates de los juegos no los detecta para meterlos de forma offline, tiene que ser con internet
Si te haces una copia y no lo jugais ala vez online no deberias tener problema, ahora si el mismo juego lo jugais online a la vez online es cunado ya habria motivo de baneo, pero como digo no sabemos con cuantos id banea nintendo, solo detectando dos id iguales o es cuando detecten por ejemplo 100 o 200