Buenas!
Pues encontré otra cosa ya que vi esto del BOOT0 que no tengo ni idea de como funciona, pero revisando el error y buscando por reddit encontré un comentario de un usuario que indicaba que al actualizar a nuevas versiones de atmosphere se suele quedar algún sys custom que no es compatible con nuevas versiones dentro del directorio atmosphere/content. Por lo que, miré el codigo de error de mi programa y entré en dicho directorio y eureca, eliminé el directorio en cuestión, arranqué atmosphere y todo genial.
Añado una captura para saber que digo, en el pantallazo de error, el código del "Program" es el directorio a eliminar, en mi caso existía un directorio llamado "420000000007E51A" lo eliminé y solucionado.
Ver el archivo adjunto 2042
Espero que si alguien le ocurre algo similar le ayude esta respuesta como me han ayudado tantas de ellas en esta increíble pagina.
Saludos, Sinzo.