Depende, si el cfw lo ejecutas en sysnand deberas sctualizar archivos de cfw, hekate, sigpstches y payload.
Si usas el cfw en emummc y solo actuslizas la sysnand y dejas emummc mas baja entonces deberia irte salvo que subas emummc a 17.0
Pero si te dice eso la micro sd sera porque la metes en...