Desde hekate (creo)
1-Lo primero de todo haz una backup de la nand y guárdala en un lugar seguro.
(la emunand sirve para que en caso de que se te corrompa la SD o así puedas restaurar tu consola y no termine siendo un bonito pisapapeles).
2.Después crea una emunand y actívala ; yo hice estos dos pasos con hekate, creo, y hay unos cuantos tutoriales buenos en el foro. (La emunand sirve para que nintendo no se cosque de que estás haciendo copias de seguridad de tus juegos). Es imprescindible crearla y activarla antes de que instales ningún custom firmware, de no hacerlo así las modificaciones quedarían reflejadas en tu nand original en lugar de en tu emunand, y nintendo podría banearte del online.
3- Finalmente instala el custom firmware que quieras. A mí personalmente me gusta el stardust de kronos.
Para los dos primeros puntos hay una guía detallada en el foro. Para el tercer punto, en el canal de youtube de kronos2308.