Hola @Omeg!
A veces las microSD no van muy bien, por eso si te hace cosas raras siempre intenta hacer lo mismo en otra microSD.
Yo actualizaría a la versión 6.2.0 a través del ChoiDujourNX y dejar activado el AutoRCM, además a la hora de instalar selecciona la versión con soporte exFAT...